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一个充满传奇色彩的怪盗，拥有过人才智，精通易容、变声、逃脱术，以珠宝等各类贵重艺术品为目标，使用魔术手法进行犯案的超级盗窃犯。

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。

有一天，主人公黑羽快斗得知8年前失踪的父亲――黑羽盗一就是怪盗基德，父亲的失踪与一个黑衣组织有关。为了查找那个组织的真相，他继承了怪盗的职业和名字，自己成为怪盗基德，不顾生命危险，想引出杀害爸爸的凶手。在一次行动中，他得知父亲的敌人――秘密组织在图谋长眠于大批珠宝中的可获长生的“命运之石潘多拉”，为了粉碎他们的阴谋，他现在以比组织更早一步找到“潘多拉”为目标。因此，他的主要猎物都是与宝石相关的东西。