曾经教导少年银时等人的师父吉田松阳，化作不同的人格，意图带着地球一起结束自己的生命。为了阻止他的野心，昔日盟友银时、高杉、桂决定带着心中的信念并肩作战。此外，万事屋的新八和神乐、新选组、歌舞伎町，甚至曾经的宿敌齐聚一堂，为银时等人应援，为保护自己该保护的东西而拼死一搏……

1989年利物浦和诺丁汉森林队的足总杯半决赛中，安妮·威廉姆斯失去了她15岁的儿子凯文，她对此深感悲痛，她为这场悲剧的真相而战。安妮站在其他在比赛中失去孩子的父母一边，拒绝相信官方调查结果，她在不懈地寻求正义的过程中寻找自己的证据。

第三季继续跟随麦克唐纳和多德这对性格迥异但却意外默契的侦探组合，讲述他们在风景如画的巴斯联手破获的三个案件。第一个案件的案发地是一个公园，在明媚的日光下，穿着时尚的年轻女子“悠闲”地坐在一把折叠椅上，她死状安详，面上浮现出如蒙娜丽莎般的神秘微笑。麦克唐纳和多德经过调查后发现这是一种从稀有植物中提取的毒药，可以致幻甚至杀人。在第二个案件中，在F1赛车队阿丁顿的一次练习赛中，头号赛车手加布里·乔治在一轮换胎时离奇死亡。麦克唐纳和多德赶来调查，多德在死者颈部发现了被刺的痕迹，而这个动作要在一次换胎的3.14秒的

伊莎、莫莉以及朋友们一起回到学校参加校友会，俩人见面时还有些尴尬，她们的关系也没有恢复如初。莫莉有些担心她们再也回不到过去了，凯莉安慰她，应该顺其自然不要太强求。伊莎等人在校友会上遇到了不少老同学，他们一起回忆起当年的快乐时光，同学们还想撮合莫莉和学生时代的男朋友欧马利重归于好；而凯莉却被误认为已经去世，但生性乐观的她也并不以为意。