克莱女巫是一个拥有奇怪魔法的女巫。有一天,她路过仙子乐园,遇到了小柠檬,一时兴起跟小柠檬用魔法开了些玩笑,没想到带给小柠檬一些全新的感受。在小柠檬的盛情邀请下,克莱女巫留在了仙子乐园。大锤子给克莱女巫打造了一个全新的漂亮甜瓜屋,其他稻草人们还给克莱女巫准备了各种生活用品。稻草人们对克莱女巫的魔法好奇,小柠檬更是想好好学学,可克莱女巫总是不按常理出牌。虽然状况不断,小柠檬,克莱女巫和稻草人还是在仙子乐园互帮互助,快乐生活每一天。

故事承接上一季，未来世界的大坏蛋柠檬博士颠覆时空，破坏各种影响世界历史的关键时刻。为了守护历史保卫来之不易的现代世界。凯奇、闪电猫、艾尔、嘟嘟公主组化身超时空奇兵。为了阻止柠檬博士，特工们齐心协力，凭借勇敢与智慧，开始了一场比以往更艰巨，规模也更大的时空守护战。

为了阻止扰乱各个“关键时刻”达成自己阴谋的柠檬博士。凯奇、闪电猫、艾尔、嘟嘟公主，四名超能小英雄组成的奇趣特工队与青青一同奋战。他们化身超时空奇兵，并与不同时代的伟人名人一起齐心协力，一次又一次的挫败柠檬博士的计划。然而就在这时，一直协助奇趣特工的青青却被未来世界的超级特工以扰乱时空为名通缉。奇趣特工队在解决时空奇点之际，需要同时找出真相，拯救自己的伙伴。一场事关全时空的最终决战，即将打响。