一架从迪拜飞往巴黎的班机，在阿尔卑斯山不幸坠毁。一位年轻又才华横溢的法国航空事故调查人员马修（皮耶尼内饰演），被指派为这起空难的首席调查员。这是驾驶失误？还是技术故障？或是恐怖攻击？当这起调查结案时，

军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。此时主人公萨姆告别相恋的女友米凯拉，要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。