抗日战争时期，年轻的女考古学家方志珍与父亲方教授同在大学任教，志珍怀着强烈的爱国心决心把失落民间的神医华佗的医著寻找回ddd。志珍和日本考古学家川多磨在一座古塔中发现两颗明珠，却被也来寻书的德国人干戈

《神医华佗》是一部大投资、大制作的大型剧集，为了把一代神医华佗青年时代传奇浪漫故事表现得更动人，特聘请了台湾亚视的首席导演李翰韬和蒲腾晋执导，又精心挑选以脍炙人口的《苍天有泪》的男女主人公扮演者庹宗华

隋唐时期，小男孩麦冬出生于亳州谯县（今谯城区，唐朝开始便有亳州之名），家中开了一个药铺。因全城突发瘟疫，麦冬向华佗神像祈祷，求得能治瘟疫的灵药，机缘巧合之下却结识了既是花神也是药灵的芍药仙子，并误食华佗祖师的神农仙方。为了弥补过错，麦冬和芍药仙子受命重制神农仙方，不过，这药方却寻之不易，因为方上一共18味中药，却不能拿寻常药材来做，必须寻访各味中药的生长地，找出药灵，说服它们自愿献出药气，才能有效。于是，麦冬和芍药背起行囊，翻山越岭，凭着自己家传医道，四处搜集药灵。