《黑子的篮球》故事主要围绕两位主人公——被誉为第六位“奇迹世代”的黑子哲也以及从美国归来的天才篮球选手火神大我展开，两人在球场上市光与影的搭ccc。相遇后的他们将挑战其他五位“奇迹世代”。

有时是名侦探毛利小五郎的弟子，安室透。有时是保护日本的公安警察，降谷零。还有时，是黑衣组织的一员，波本。拥有三副面孔的男人的私生活无人知晓。光与影笼罩下的安室透的平凡日常，现在揭晓。

该动画讲述了一场追逐时间的战斗。利用人们的后悔意念吞噬人类时间的怪物“计”，与使用“时之契”来讨伐“计”的“时间支配者”，正义与邪恶的交织，光与影的博弈。被夺去时间的少年，曾经的“王牌”时间支配者维克托，为了找回失去的记忆和时间，和伙伴们踏上了寻找夺取自己时间的“计”的旅程。